Конденсаційний котел працює у три етапи:

1 етап: пальник у камері згоряння нагріває воду для опалення, яка за допомогою насоса подається до радіаторів, а потім вже охолоджена вода повертається назад у котел. Водночас, нагрівальні гази, що утворюються при спалюванні газу, проходять через котел за допомогою вентилятора і потрапляють туди, де охолоджена опалювальна вода повертається в котел.

2 етап: там конденсується вода, яка міститься у вихлопних газах. Енергія (теплий конденсат), що виділяється під час конденсації, також бере участь у нагріванні води в системі опалення. При цьому температура води у зворотній магістралі відіграє вирішальну роль – вона повинна бути не більше 40 градусів і чим холодніша вода, що повертається від радіаторів у котел, тим краще вона охолоджує гарячі опалювальні гази в конденсаційному котлі і таким чином покращує ефект конденсації.

3 етап: охолоджені продукти згоряння (вуглекислий газ) виводиться в коаксіальний димар (труба в трубі). Через цей димар проводиться також забір і попередній нагрівання повітря (зовнішньої труби) для процесу горіння. Таким чином потрібна менша кількість енергії для нагрівання газоповітряної суміші в камері згоряння до необхідної температури.